Форматирование флэшки в NTFS действительно поддерживается самой Windows, но только в том случае если для неё выставлена оптимизация по производительности (Правой кнопкой мыши Мой компьютер > Управление > Управление дисками > (Надиске Свойства. Если выставлена оптимизация для быстрого извлечения флэшки (т.е. без кэширования записи), то будет доступно только FAT-форматирование.

P.S. NTFS - журналируемая файловая система, которая делает много дополнительных операций на диске. Я бы лишний раз подумал - стоит ли применять её на флэшках, у которых как известно, меньшее количество циклов перезаписи чем у винта.